Občianske združenie Čisté srdce v spolupráci s ďalšími mimovládnymi organizáciami, odborníkmi, samosprávou, miestnymi organizáciami, dobrovoľníkmi a vzdelávacími inštitúciami realizuje v priestoroch centra neformálno-vzdelávacie aktivity - semináre, školenia, workshopy - so zameraním na osobnostný a sociálny rozvoj, rozvoj životných zručností (kompetencií), dobrovoľníctvo, participáciu, zdravý životný štýl, prevenciu a sociálnu inklúziu. Venuje sa najmä mládeži a ľuďom ohrozeným sociálnym vylúčením. 

V spolupráci s organizáciou Protect Work sa občianske združenie Čisté srdce venuje tvorbe a realizácii komunitných projektov mladých ľudí zameraných na participáciu a rozvoj ich kompetencií, ale aj neformálno-vzdelávacím aktivitám pre mládež a členov žiackeho parlamentu na školách.